የቤተ ክርስቲያኒቱ መሪዎች
የመሪዎች ጠቅላላ ጉባኤ
ቤተ ክርስትያኒቱ በአገር ዓቀፍ ደረጃ ሁሉም አጥቢያዎች የሚወከሉበት ጠቅላላ ጉባዔ (General Assembly) ያላት ሲሆን የመጨረሻው ወሳኝ ሥልጣን ያለው አካል አላት። እንዲሁም ቤተ ክርስቲያኒቱ በጠቅላላ ጉባዔ ተመርጠው የሚሾሙ 7 አባላት ያሉት ቤተ ክርስቲያኒቱን የሚመራ ቦርድም ያላት ሲሆን ፤ የቤተ ክርስቲያኒቱን ጽ/ቤትና አጠቃላይ መንፈሳዊ እንቅስቃሴዎቹንና ሥራዎቹን የሚመራ በጠቅላላ ጉባዔ በሚሾም ፕሬዝደንት ትተዳደራለች።
ኦዲት ኮሚሽን
የኢትዮጵያ አማኑአል ህብረት ቤተ ክርስቲያን ኦዲት ኮሚሽን በኢትዮጵያ አማኑኤል ህብረት ቤተ ክርስቲያን ጠቅላላ ጉባኤ ተምርጦ የሚሰየም ሲሆን ተጠሪነቱ ለጠቅላላ ጉባኤ ነው፤ ዋና ተግባሩ የጽ/ቤቱን እቅድና በጀት አፈጻጸም እንዲሁም የመተዳደሪያ ደንቡንና ፖሊሲዎችን ተግባራዊነት መከታተል ሲሆን በተጨማሪም ማንኛውንም ቅሬታዎች ተቀብሎ ይመረምራል፣ መፍተሔዎችንም ያስቀምጣል፡፡
አስተዳደርና ፋይናንስ
በመምሪያው ስር የሒሳብ ክፍል፣ ዕቅድና በጀት፣ የሰው ኃይል እና ንብረት አስተዳደር እንዲሁም የግንኙነት ንዑሳን ክፍሎች ያሉት ሲሆን ዋና ተግባሩም አጠቃላይ የጽ/ቤቱን በጀናት ዕቅድ ያዘጋጃል፣ የሰው ኃይልና ንብረትን ያስተዳድራል፣ የውስጥ ግንኙነቶችን ያስተባብራል፡፡